La stimolazione magnetica viene prodotta da uno strumento, chiamato coil, che viene appoggiato con l'aiuto di un sistema di neuronavigazione computerizzata su un punto preciso della testa del paziente, variabile a seconda della patologia da trattare. L'area della corteccia cerebrale sottostante, individuata con precisione solo dalle apparecchiature tecnicamente più sofisticate come quella utilizzata dalla Casa di Cura San Giorgio, viene così raggiunta da una serie di stimoli ripetuti nel corso della seduta che, a seconda del disturbo da trattare, aumentano o riducono l'eccitabilità dei neuroni e delle strutture cerebrali alle quali essi si connettono.
La stimolazione è una tecnica non invasiva e indolore che il paziente riceve comodamente seduto su di una poltrona e che dura a seconda dei protocolli da pochi minuti a mezz'ora. Gli effetti indesiderati sono di modesta entità: fastidio cutaneo nella sede cranica di stimolazione, cefalea infrequente e recedente spontaneamente o dopo somministrazione di comune antidolorifico. Dopo l'applicazione il paziente può tranquillamente tornare alle sue occupazioni.
I protocolli di stimolazione attualmente usati prevedono sedute quotidiane per cinque giorni alla settimana, replicate per tre fino a sei settimane con successive sedute di richiamo finalizzate a consolidare i risultati ottenuti.