Il presupposto della possibilità di trattare con la TMS disturbi come la depressione o le dipendenze si basa sul fatto che l'area corticale prefrontale dorso laterale sinistra in queste patologie è ipofunzionante, come dimostrano gli studi di neuroimaging. L'impiego di stimolazioni a frequenza da 10 a 15 hertz dirette su questa area cerebrale è in grado di aumentare la funzionalità corticale e di agire sui circuiti sottostanti modificando gradualmente il tono d'umore nel primo caso e nella dipendenze di rendere i processi decisionali del paziente più efficaci nel contrastare il bisogno compulsivo di consumare la droga o di attivare il comportamento disfunzionale.