La differenza tra TMS ed elettroshock è sostanziale perché quest'ultimo utilizza la corrente elettrica scaricata direttamente da tempia a tempia attraverso il cervello del paziente, anestetizzato e trattato farmacologicamente in modo che non si verifichi l'altrimenti inevitabile crisi epilettica. Benché efficace, presenta le suddette complesse, disagevoli e per molti pazienti allarmanti, caratteristiche di applicazione.